Fossiilsete kütuste kasutamisega kaasnevad ohud, millest olulisem on tahkete kütuste põletamisel tekkiv õhusaaste. Suurtel elektrijaamadel on tahmapüüdurid ja kasvuhoonegaaside jaoks filtrid. Hajaasustusega piirkondades, kus köetakse kivisöega, põhjustab tahm tõsiseid probleeme.

EL keelustas ühepõhjaliste tankeritega tumedate kütuste veo 2003.aastal, heledaid kütuseid tohib aga endiselt vedada. Naftareostused on ohtlikud nii mere põhjaelustikule kui randadele ja avaveelindudele.

Eriti tundlik naftalekete suhtes on Läänemeri, kui aeglase veevahetusega sisemeri.

Maagaasi põletamine on õhusaaste seisukohalt parim valik, sest põleb jäägitult. Maagaasi transportimiseks ehitatavad torujuhtmed on suure keskkonnamõjuga nii maismaal, kui merepõhjas sest nende ehituse käigus hävib algne looduskeskkond ja liigiline mitmekesisus.

Maagaasi ja nafta transpordi torujuhtmed Euroopas

1997.a. võeti ülemaailmsel kliimakonverentsil Kyotos vastu otsus vähendada 15 aasta jooksul CO2 hulka atmosfääris 5% võrra. Vähem saastavad riigid saavad oma CO2 kvoote müüa. Kivisöe jt energeetiliste maavarade kavandamisega rikutakse nii reljeefi kui loodusmaastikku, samuti muutub põhjaveetase.