Et toiduained ei puutuks kokku liigsete bakterite, algloomade ja seentega, pakendatakse ja töödeldakse neid erinevate meetoditega. Kui külmutamine ja kuumutamine teenivad eelkõige pikemaajalise säilitamise eesmärke, siis tegelikult on kasutusel veel suur hulk erinevaid meetodeid.

Erinevaid kuumtöötlemise viise:

Kuivatatud maitsetaimi ja vürtse ning taimse päritoluga maitsetaimi kiiritatakse.

Riknemise vältimiseks ning käärimise või hallituse tekke pidurdamiseks toiduaineid veel soolatakse, suhkrustatakse, kuivatatakse või pastööritakse.  Liigses soolas või suhkrus hallitusseened ei kasva. Nii teame me moose ja keediseid, soolatud kala, liha või kurke. Ka niiskuseta ei saa seened hakkama. Siit on teada näiteks kuivatatud puuviljad või vinnutatud kala ja liha. Pastöörimine (ehk pastöriseerimine) on toiduainete kuumtöötlemine madalamatel kui temperatuuridel. Pastöörimist kasutatakse eesmärgiga vähendada patogeensetest mikroorganismidest tingitud võimalikku ohtu tervisele. Eriti on tuntud piima pastöörimine.

Lisaks töötlemisele aitavad säilitamisel kaasa erinevad pakendamisviisid. Pakkimisel on lisaks kaubandusliku välimuse andmisele, füüsiliste vigastuste eest kaitsmisele ja info edastamisele veel rida teisi eesmärke.

Pakend võib kaitsta toitu hapniku juurdepääsu eest. Paljud mikroskoopilised elurid vajavad oma elutegevuseks hapnikku. Näiteks vaakumpakendis õhku pole. Pakend kaitseb sageli toitu ka niiskuse ja valguse eest, mis samuti pärsib mikroorganismide elu. Pakendi üheks oluliseks eesmärgiks on vältida mikroorganismide ja saasteainete juurdepääsu.

Mitmeid toiduaineid pakitakse gaasikeskkonda. Kõige sagedaminikasutatakse inertset gaasi, lämmastikku. Et pakend oma kuju säilitaks, lisatakse ka süsihappegaasi. Viimase olemasolu aga ei vähenda selliste bakterite aktiivsust, kes ei vaja elamiseks hapnikku.

Kindlasti tuleb silmas pidada, et mistahes pakendamine või säilitamine ei hävita ebasoovitavat mikrofloorat, vaid pidurdab selle arengut.