Linnade elukorraldus oli olenemata erinevatest linnaõigustest suhteliselt sarnane. Kõrgeimaks võimuorganiks oli nõukogu ehk raad, kuhu kuulusid raehärrad ja bürgermeistrid. Rae suurus sõltus linna jõukusest ja liikmeseisus oli eluaegne. Tähtis oli seadustega tegelev sündikaat. Raad tegeles linna sissetulekute, heakorra ja kaitse eest hoolitsemisega. Samuti tegeles kaubanduse ja käsitöö soodustamisega, linna huvide kaitsmisega, kandis hoolt kirikute ja koolide eest ning korraldas vaeste ja haigete ülalpidamist. Ka kõrgeim kohtuvõim kuulus raele.

Linnadel tekkis tihti tüli  ordu või vasallidega kaubandusõiguste ja rahapoliitika pärast ning linna põgenenud talupoegade pärast. Linnade iive oli negatiivne, mistõttu oli vaja inimeste sissevoolu maapiirkondadest. Tallinna elanikkonnast moodustasid eestlased kolmandiku. Inimeste linna meelitamiseks lubati, et kui inimene elab seal aasta ja ühe päeva, siis saab ta vabaks. Selle vastu aga protestisid aadlikud ja ordu. Tallinna ei huvitanud aadlike tahe. Näiteks lasi Tallinna raad hukata Harju-Viru võimsa vasalli Johann von Üxkülli, kuna too oli surnuks piinanus ühe talupoja. See tõi endaga kaasa konflikti Tallinna ja Harju-Viru vasallide vahel, mis oleks peaaegu sõjaks puhkenud.