Eesti vallutamine ei lõpetanud ristisõdasid, sest ordu tähelepanu oli veel suunatud Novgorodi, Pihkva ja Leedu vürstiriikide vastu. 1240 a. vallutati ristisõdijate poolt Koporje Ingerimaal ning Irboska ja Petseri. Novgorodi vürst Aleksander lõi 1240 a. Neeva lahingus Rootsi ristisõdijaid ja sai aunimeks Nevski. Ta vallutas tagasi ka Koporje ja 1242 a. tungis ta Tartumaale. Tartus aga olid Vene väed sunnitud põgenema ja neid asuti jälitama. 1242 a. 5 aprillil sattusid ristisõdijad ja Vene väed kokku Lämmijärve idakaldal. Sakalased piirati sisse  ja seetõttu eestlased põgenesid. Ristisõdijate ja eestlaste kaotused olid suured ning Vene väed saavutasid täieliku võidu. Selle Jäälahinguga lõppesid ristisõjad itta. Liivi ordu suhted Leeduga kujunesid raskeks, sest neilt saadi mitmeid kordi lüüa. Leedulased korraldasid raskeid rüüsteretki Vana-Liivimaale. 1270 a. ründasid orduväed Karuse lähedal leedulasi, kuid see ebaõnnestus. Lahingus hukkus ka ordumeister.