1222.a. saabusid Valdemar II juhtimisel Saaremaale taanlased, kes hakkasid sinna kivilinnust rajama. Kuninga lahkumise järel aga piirasid saarlased linnuse ümber ja sundisid taanlasi alistuma. Sellega algas muistse vabadusvõitluse viimane etapp, kus saarlased kutsusid kõiki eestlasi appi, et pöörata see sõda ikkagi võiduks. Saarlased, läänlased ja harjulased kogunesid Varbolasse, kus tapeti preestreid. Viljandi linnuses tapeti sakslased jumalateenistuse ajal. Järvamaal võeti kinni foogt Hebbe, kelle süda kisuti välja, küpsetati ja söödi ära. Tartus ja Otepääl asunud mõõgavennad surmati. Vastuhakk kandis vilja ja võõras võim kukutati kogu Eestis, v.a. Tallinnas. Eestlased hakkasid oma linnuseid kindlustama ja ehitasid kiviheitemasinaid ning õppisid ambe kasutama. Abipalvega pöörduti taaskord ka Venemaa poole. 1223.a. aga said eestlased võitluses ristisõdijatega tugeva hoobi. Nimelt tungisid ristisõdijad Viljandi alla, mis lõpuks alistati Venelased püüdsid vallutada Tallinna, kuid see ei õnnestunud Seejärel õnnestus sakslastel jälle alistada Harju-ja Järvamaa, vabaks jäid Saaremaa ja Tartu. Tartusse saabus Kokenese endine vürst Vjatško omades Novgorodi luba vallutada kõik alad, mida ta suudab. Vjatško keeldus ristisõdijate pakkumisega lõpetada koostöö uskmatutega. 15.augustil 1224.a. jõudsid ristisõdijate väed Tartu alla. Seda sõjaretke juhtis Albert koos venna piiskop Hermanniga. Tormijooksuga õnnestus ründajatel linnusesse tungida, millele järgnesid tapatalgud. Tartu langemisega oli taas kogu Mandri-Eesti ristisõdijate käes.

1227.a. alustasid ristisõdijad retke saarte alistamiseks. Esimesena jõuti Muhu linnuse alla. Muhulased olid nõus alistuma, kuid sellega ei nõustutud ja lõpuks tungisid ristisõdijad linnusesse. Toimusid tapatalgud, linnuse rööviti tühjaks ja pandi põlema. Muhust liiguti edasi Saaremaale, kus jõuti Valjala linnuse alla. Sissepiiratud saarlased pakkusid rahu ja olid valmis endid ristida laskma. Seekord võeti rahupakkumine vastu ning asuti inimesi ristima. Alistusid ka teised Saaremaa kihelkonnad ning sellega langes kogu Eesti ristisõdijate kätte.