Tallinn, Narva ja Rakvere võtsid kasutusele Lüübeki linnaõiguse. Tartu, Viljandi, Paide ja Uus-Pärnu said endale Riia õiguse. Vana-Pärnus ja Haapsalus kehtestati piiskopiõigus Saare-Lääne piikopi poolt. Linnaõigused andsid linnadele laialdase iseseisvuse ja sisulise sõltumatuse maahärradest. Maahärrat esindas linna juures linnafoogt, kuid tal polnud eriti mõjujõudu suuremates linnades. Suuremates linnades moodustas maahärra residents omaette territoriaalse üksuse. Näiteks Tallinnas olid Toopea ja all-linn kaks omaette linna. Toompeal oli oma linnaõigus, gildid ja muud organisatsioonid. Tallinna iseseisvus ei meeldinud eriti Toompea aadlikele ja orduametnikele. 15.saj. ehitati Toompea vastu linnamüür, et kaitsta all-linna võimalike rünnakute eest, kuna tajuti ohtu Toompealt. Linnad koordineerisid oma välispoliitikat Vana-Liivimaa valitsejatega, kuid samas ajasid nad oma asju ka iseseisvalt. 14.saj-16.saja linnade arv Eestis enam ei tõusnud, sest linnad üritasid oma huve kaitsta ja takistada konkureerivate alevite arengut. Aleveid oli orduaja lõpul Eestis 14.