Ilmaliku ja vaimuliku võimu tülid jätkusid 13.saj. 1297 a. tekkis tüli ordu ja Riia linna vahel. Sõja algul purustati Riia ordulinnus, kuid ordu pani oma sõjalise jõu maksma ja järgnesid rüüsteretked Saare-Lääne piiskopi valdustes Läänemaal. Orduvastased otsisid abi taanlastelt, kuid seda saamata pöörduti vanade vaenlaste leedulaste poole. Leedulased tulidki appi ja purustasid orduväe Turaida all. Alles seejärel sõlmiti rahu, mis siiski osutus ajutiseks. 1304 a. moodustas ordu Riia linna ja Riia peapiiskopi vastu suunatud nn. Tartu konföderatsiooni. Eeskätt tõi valitsejatevaheline vaenutsemine kaasa kannatusi lihtrahvale ja takistas maa arengut.