Eesti keskajaks võib pidada perioodi 13. sajandi algusest 16. sajandi teise pooleni, teisisõnu ristiusustamise algusest Liivi sõjani. See on ajavahemik, mida Lääne-Euroopa ajaloos käsitletakse kõrg- ja hiliskeskajana. Alates 13. sajandi algusest kajastub Eesti ajalugu järjekindlalt kirjalikes allikates. Vallutuseelses Eestis valitsenud poolfeodaalsete suhete ja paganlike uskumuste kõrvale ilmusid Euroopa keskaega kujundanud olulisemad tegurid — katoliku kirik ja fikseerunud feodaalsuhted, mille kandjateks Eesti oludes olid välismaised kolonistid.

Sellest tulenevalt on Eesti keskaja ajalugu paljuski Lääne katoliikluse ja administratiivse süsteemi juurutamise, s.t võõrvõimu ajalugu. Eesti keskajast säilinud allikmaterjal on katkendlik ja ebaühtlane: nii mõnigi üksiknähtus või terve ajalõik on kirjeldatav iseäranis värvikalt ja sündmusterohkelt, ent teiste sündmuste või nähtuste kohta puuduvad teated sootuks.

Paremini tuntakse 13. sajandi alguskümnendeid, mida kirjeldab Eesti ja Läti aladel sajandi esimesel poolel tegutsenud saksa preestri Henriku Liivimaa kroonika, samuti 15.–16. sajandit, mille puhul muudab kirjaliku asjaajamise mahu suurenemine paljud sündmused ja protsessid paremini jälgitavaks. Seevastu 13. sajandi teine pool ja 14. sajand on allikaliselt märksa halvemini esindatud.