1523 a. jõudis usupuhastus Tallinna ja Tartusse. Tartus õnnestus piiskop Johann Blankenfeldil sundida lahkuma Lutheri õpilane Hermann Marsow, kes siirdus Tallinna. Tallinna pingestunud olukord viis 1524 a. sügisel pildirüüsteni, segi peksti Oleviste ja Pühavaimu kirikute sisustus. Tallinnast sai protestantlik linn ning dominiiklaste klooster suleti. 1524 a. saabus Tartusse Württembergist pärit jutlustaja Melchior Hoffmann, kes arvustas katoliku kirikut ning ka protestantlikke pastoreid. 1525 a. püüti Hoffmann vahistada ja puhkes pildirüüste, mille käigus purustati Maarja kiriku ja all-linna kirikute sisustus. Mõned päevad hiljem õnnestus rüüstada ka Toomkirik. Hoffmann saadeti Tartust minema ja kehtestus usurahu, kus toomkirik jäi katoliiklastele ja all-linna kirikud protestantidele. 1526 aastaks oli usupuhastus toimunud ka teistes linnades.