Tartu oli pikka aega olnud Moskva võimu all ja omas sidemeid Moskavaga. Poolakate kaugem eesmärk oli Venemaa allutamine Poolale ja katoliiklusele ning seetõttu sobis poolakatele see, et Tartu omab Venemaaga sidemeid. Esmalt aga püüti katoliiklikuks pöörata Lõuna-Eesti. 1583 a. ilmusid Tartusse esimesed katoliikluse levitajad – jesuiidid. Nad rajasid Tartusse oma kolleegiumi ja selle juurde ka gümnaasiumi, milles antav haridus oli tolle aja jaoks tipptasemel. Kõrvuti gümnaasiumiga töötas tõlkide seminar, milles õpetati keeli ja ka eesti keelt. Liivi sõja ajal heitsid ordu ja Riia peapiiskop end Poola alla ning Liivimaa aadel sai nn Sigismund Augusti privileegi, millega neile jäeti alles nende talupojad ja luteri usk. Selleks ajaks aga kui Lõuna-Eesti Poola kätte läks, oli Poolas toimunud vastureformatsioon ning eesmärgid muutunud. Liivimaa valdused ei kuulnud mitte Poola kuningriigile vaid sellega ühendatud Leedu suurvürstiriigile. 1586 a. andis Poola-Leedu kuningas Batory Liivimaa aadlikele teada, et ei kavatseta lubada talupoegade arutut rõhumist. Usu poole pealt olid linnad veendunud luterlased, kuid maarahvas võttis jesuiitide usu kergemini vastu. Aadel organiseerus ja pidas Võnnus oma üldkogusid. Kuningavõimu kõrgeimaks esindajaks oli asehaldur.