1558 a. käisid Saaremaa talupojad Turus resideeruva Rootsi asevalitseja hertsog Johani juures kinnitades enda valmisolekut hakata Rootsi alamateks. Kui Rootsis tuli võimule Erik XIV, siis tegi ta Tallinnale ettepaneku Rootsile alistuda. 6. juunil 1561 vandus Tallinn truudust Rootsi kuningale. Harju ja Viru vasallid olid seda juba mõni päev varem teinud. Poolakad aga ei tahtnud Rootsile Toompea lossi üle anda ja seetõttu Rootsi ründas seda. Nii alistus Tallinn ja Põhja-Eesti Rootsile. 1561 a. alistusid Liivimaa aadel, Liivi ordumeister ning Riia peapiiskop Poola-Leedu kuningale ja 1562 a. kinnitati see lõplikult Riias. 1561 a. liideti Saare-Lääne piiskopkond Taaniga ja see lakkas eksisteerimast. Seega oli 1561 aastaks Vana-Liivimaa jagatud Venemaa, Poola, Rootsi ja Taani vahel, millega oli lõppenud Vana-Liivimaa ajastu.

Reaalselt aga oli enamus Vana-Liivimaa territooriumist Vene kontrolli all. Omaette jõuks kujunesid sakslastest ratsanike ehk mõisameeste üksused, kes pakkusid oma teenuseid erinevatele pooltele. Nad laastasid valimatult maad ning 1565.a. vallutasid nad Pärnu andes selle üle Poolale. Selleks ajaks aga oli Eestist saanud Põhjamaade Seitsmeaastase sõja (1563-1570) tallermaa. Rootsi blokeeris üle Narva käiva idakaubanduse, mispeale Taani ja Lüübek Rootsile sõja kuulutasid, Rootsi väed vallutasid Hiiumaa ja ründasid Saare-ja Läänemaad.1567.a. andsid poolakad Ruunavere lahingus rootlastele raske hoobi. Võitlused aga ei toonud endaga kaasa erilisi muutusi jõudude vahekordades. 1570.a. sõlmiti Taani ja Rootsi vahel rahuleping, millega lõppes Põhjamaade Seitsmeaastane sõda. Taani taandus aktiivsest tegevusest Vana-Liivimaal, vaid Saaremaal püsis Taani võim 1645 aastani.