Tallinnas algas Rootsi aeg 1561 a. aga ülejäänut Põhja-Eestit hakkasid Rootslased valitsema alles pärast Pljussa vaherahu. Stockholm tunnistas algul vastumeelselt aadlike vanu õigusi, kuid kui troonile sai talurahvasõbralik Karl IX, siis üritati mõisnike õigusi piirata. Selles aga ei oldud eriti edukad. Nii rootslased kui Eestimaa aadel olid luteri usku, mis lihtsustas paljutki. 1584 a. moodustasid Harju, Viru, Järva ja Läänemaa vasallid Eestimaa rüütelkonna oma ametnike ja ametiasutustega, mille tähtsaimaks organiks oli lääniomanike üldkoosolek. Kuningavõimu kõrgemaks esindajaks oli kuberner.